幕末の動乱期に“人斬り抜刀斎”と恐れられた維新志士・緋村剣心は、逆刃刀を手に不殺を誓い、流浪人として新しい時代を生きていた。 明治十一年五月十四日、“維新三傑”大久保利通が暗殺される。 時代を再び動かす事件の背後には、明治政府転覆を企てる志々雄真実の暗躍があった。 剣心は“人斬り抜刀斎”の後継者でもあった志々雄を止めるため、神谷薫に別れを告げ京都へ旅立つ。 薫たちとの別れ、そして新たな出会い さらには、志々雄一派との戦い 己の因縁と不殺の誓いとの間で揺れる剣心 幾多の想いが集う明治剣客浪漫譚、第二章開幕――！