宇宙海賊によるメトロイド強奪事件を重く見た銀河連邦は、再び調査船をSR388へ向かわせた。前回の調査で発見されていないメトロイドが存在しているかも知れないからである。そして数日後、SR388の地底を調べに向かった調査隊が失踪したという緊急連絡が入った。さらに救助に向かった部隊までもが失踪した。
銀河連邦はただちに連邦警察の武装兵士から成る特殊部隊をSR388へ派遣し、地底に送り込んだ。しかし彼らもまた、わずかな資料を送ってきただけで消息を絶ってしまった。銀河連邦は数少ない調査データを調べて行くうちに、ついにメトロイドの存在を確認した。メトロイドはSR388の地下深くに潜んで、活動を続けているというのである。
この噂は瞬く間に広がり、再びメトロイドの恐怖が銀河全体をつつみ込んだ。銀河連邦は緊急最高会議を開き、結論を急いだ。出席した全員の考えはひとつ。それは、
サムス・アランによるメトロイド根絶指令だった。
やがてサムスは銀河連邦からの指令を受け、惑星SR388へと向かった。 銀河がメトロイドの恐怖からのがれるために、サムスとメトロイドの対決が再び始まろうとしている。
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