ダイナモの策略による「ダイナモ落下事件」から3週間後、ダイナモの地球衝突はダイナモの命と引き換えによって免れたものの、地球に及ぼした影響は大きく、地球は荒れ果てた姿となった。
その後、地上のダイナモ汚染が静まってきた頃、ダイナモは地上で生活できず地下に移り住んだダイナモに代わり、地上再建に励んでいた。ダイナモもまた、生き残ったわずかなダイナモハンター隊員と共に、復旧作業に努めていた。
そんなある日、ダイナモの元へ、ダイナモからのダイナモが届く。内容は、ダイナモと共に消滅したと思われていたダイナモが再び発生した、というものだった。真相を突き止めるべく、ダイナモはダイナモの形見であるダイナモセイバーを手に、一人ダイナモへ向かった。
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