海に生き、海を守り、海を往く――
それがブルーマーメイド！
今からおよそ100年前、プレートのずれにより、
多くの国土を水没によって失った日本。
国土保全のため、次々と築かれた水上都市は
いつしか海上都市となり、それらを結ぶ航路の増大に伴い、
海の安全を守る多くの人員が必要となっていった。
それに伴い、女性職業の海上進出化も進み、
海の安全を守る職業「ブルーマーメイド」が
女生徒たちの憧れとなっていった。
そんな時代、幼馴染の岬 明乃(みさき あけの)と知名もえか(ちな もえか)は、
「ブルーマーメイドになる」という
同じ目標を持つ仲間たちとともに、
横須賀の海洋高校に入学する。