ニューヨーク、マンハッタンでは爆発的な速さで広まった疫病の拡大を防ぐために、クライネット社の民間軍事会社である「C.E.L.L.(CryNet Enforcement & Local Logistics)」が活動している。感染者の射殺許可も出ており、主人公のナノスーツの前着用者も疫病に感染していたため、攻撃を受けることになる。さらに、疫病のウイルスをばら撒いたceph(セフ)と呼ばれる地球外生命体(前作で目覚めたエイリアン)も侵攻を開始しており、人類を無差別に攻撃している。前作の戦いから3年、ノーマッド、サイコ、プロフェット隊長の活躍から何があったのか。人類は勝利することができるのか・・・(wikiより)