ある日、「新導クロノ」が中学校に登校すると、下駄箱に中に一枚の地図と共に、初めて目にするカードの束が入っていた。不思議に思ったクロノはそのカードが何かを知るべく、地図に記された場所へと向かう。
するとそこは「カードキャピタル2号店」という名のカードショップで、葛木カムイという店員がファイトをしていた。カムイにカードの事を調べてもらうと、そのカードは「ヴァンガード」と呼ばれるカードゲームのもので、「ギアクロニクル」というまったく未知の種類(クラン)のものだという。
ギアクロ二クルを手に、ヴァンガードの世界へと飛び込んでいくクロノ。その中でギアクロニクルに隠された秘密、そしてクロノが背負う運命が明らかになっていく…!
ヴァンガードを通して出会う「綺場シオン」や「安城トコハ」といったライバルたちと共に、新導クロノの運命が大きく動き始める!!